安装/升级 Vertica 的 R 语言包
要在 Vertica 中创建 R UDx,请安装与您的服务器版本匹配的 R 语言包。R 语言包含有用来与 Vertica 交互的 R 运行时和关联库。您必须使用此版本的 R 运行时;不能升级它。
您必须在群集中的每个节点上安装 R 语言包。Vertica R 语言包必须是节点上安装的唯一 R 语言包。
Vertica R 语言包先决条件
R 语言包需要许多包才能进行安装和执行。这些依赖项的名称因 Linux 发行版而异。对于支持 Vertica 的 Linux 平台,这些包为:
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RHEL/CentOS:
libfortran
、xz-libs
、libgomp
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SUSE Linux Enterprise Server:
libfortran3
、liblzma5
、libgomp1
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Debian/Ubuntu:
libfortran3
、liblzma5
、libgomp1
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Amazon Linux 2.0:
compat-gcc-48-libgfortran
、xz-libs
、libgomp
Vertica 需要高于 7.1 的 libgfortran4
库版本才能创建 R 扩展。libgfortran
库默认包含在 devtool
和 gcc
包中。
安装 Vertica R 语言包
如果您使用操作系统包管理器而不是 rpm 或 dpkg 命令进行安装,则无需手动安装 R 语言包。适用于每个受支持的 Linux 版本的本机包管理器为:
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RHEL/CentOS:yum
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SUSE Linux Enterprise Server:zypper
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Debian/Ubuntu:apt-get
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Amazon Linux 2.0:yum
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通过浏览 Vertica 网站,下载 R 语言包。
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在支持 (Support) 选项卡上,选择客户下载 (Customer Downloads)。
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在系统出现提示时,使用您的 Micro Focus 凭据登录。
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找到并选择适用于您所用的服务器版本的
vertica-R-lang_version.rpm
或vertica-R-lang_version.deb
文件。R 语言包版本必须与服务器版本在三个小数点上匹配。 -
以 root 身份或使用 sudo 安装包:
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RHEL/CentOS
$ yum install vertica-R-lang-<version>.rpm
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SUSE Linux Enterprise Server
$ zypper install vertica-R-lang-<version>.rpm
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Debian
$ apt-get install ./vertica-R-lang_<version>.deb
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Amazon Linux 2.0
$ yum install vertica-R-lang-<version>.AMZN.rpm
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安装程序会将 R 二进制文件放入 /opt/vertica/R
。
升级 Vertica R 语言包
升级时,您已手动安装的某些 R 包可能无法正常工作且可能需要重新安装。如果不更新包,R 将在包无法使用时返回错误。升级这些包的说明如下所述。
注意
R 语言包中提供的 R 包会自动升级,无需重新安装。-
在升级 Vertica 之前,您必须卸载 R 语言包。卸载语言包时,已手动安装的所有其他 R 包会一直留在
/opt/vertica/R
中,而不会被移除。 -
按照将 Vertica 升级到新版本中的详细说明升级您的服务器包。
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更新服务器包后,在每个主机上安装新的 R 语言包。
如果已在每个节点上安装了其他 R 包:
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以 root 身份运行
/opt/vertica/R/bin/R
并执行以下命令:> update.packages(checkBuilt=TRUE)
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从显示的列表中选择 CRAN 镜像。
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系统会提示您更新具有可用更新的每个包。您必须更新已手动安装且与 R 语言包中的当前 R 版本不兼容的所有包。
请勿 更新:-
Rcpp
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Rinside
此时即会安装选择进行更新的包。使用以下命令退出 R:
> quit()
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使用 R 语言编写的 Vertica UDx 函数无需编译,而且升级后无需重新加载 Vertica-R 库和函数。